台灣是600萬年前造山運動才隆起形成的，而18000年前最後一次的冰河時期，海平面是低於現在130公尺，到了10000年前，海水才注入台北盆地，形成了一個「台北鹹水湖」。
一直到6000年前，海水才慢慢退去變成淡水湖，注入台北盆地的河川攜帶大量的泥、沙與礫石淤積，使得「台北湖」自週邊開始逐漸退縮、陸化，成為河道、沼澤與森林交錯密佈的「台北森林」。 近6000年來，代代繁衍的茂密森林，只有少數「有幸」被泥沙就地埋沒，成為零星散佈的『化石林』，沉睡在我們的腳下的地底。
當地下工程開挖時, 極少數樹木「恰巧」有機會重見天日，就如眼前的這一棵巨木（長約9公尺，最大直徑約2公尺）。台灣電力公司萬隆地下管路施工時，於地下約21公尺深處（台北盆地松山層）挖得，樹上有一個鑽井的痕跡，依據炭十四定年得知約1820年前，如今還發出淡淡地樟木香，可見在地底不見天日，也密不透風的保存得那麼好。
我們可以親手撫觸這顆樹木，見證台北盆地從鹹水湖、淡水湖、森林低地到處都是小溪流，到現在轉變成一座國際級的大城市，時間的過往，人類只佔一點點的分量，值得我們見證台北盆地－－滄海(湖)、森林、桑田、高樓等快速的環境變遷史。
樹底下由左至右墊著片岩、粗砂岩、板岩，都是來自台灣的岩石標本，中央山脈往西與往東兩個方向的河流，因為地層與河水下切的角度不同，也形成了不同的沉積方式。我們把樹木墊高，只要保持相當的乾燥，這顆樟木就可以保持比較好的狀態，而不會有蟲寄居在此而腐爛，而昆蟲其實也不喜歡樟木的味道，因此樟腦油經常做為家庭防蟲的日常用品。這顆巨木也見證了台北盆地在300年前曾經是樟腦製造生產地。
在房子的前面的平台，我們修復的時候用頁岩，也是原住民朋友在山上河邊可以就地取材的建築材料。在庭院入口處，有兩顆玄武岩，可以觀察它的氣泡大小，而知道當時形成的方式與方向角度等等。這幾顆玄武岩，都是來自三峽，而不是我們熟知澎湖的玄武岩。
大家或許奇怪為什麼這個地方要放這些自然科學研究的的岩石、植物的標本，因為這棟房子在二次戰後居住的是馬廷英教授，他是國際上非常知名的地質學者，專精在海洋古生物的研究，他經常在這裡啃南瓜子，地上滿滿地都是白色的瓜子殼，教授的朋友戲稱我們現在走的這個庭園路，叫『馬』路。
